БИОИНФОРМАТИКА

ПРЕДМЕТ БИОИНФОРМАТИКИМакромолекулы - носители информации в клеткеИнформация на клеточном уровнеСтруктура ДНК. Азотистые основанияСтруктура РНКСтруктура белковИнформационные матричные процессы на молекулярном уровнеРепликацияТранскрипцияПроцессы модификации РНК. СплайсингТрансляцияФормирование пространственных структур ДНК. Структура ДНК-белковых комплексовУпаковка эукариотической ДНК.Формирование пространственных структур РНКФормирование пространственных структур белковМеждисциплинарный характер биоинформатикиЗадачи биоинформатикиГеномикаПротеомикаМолекулярная филогенияВопросы и задания для самопроверкиЛитература к главе 1МАТЕМАТИЧЕСКИЙ АППАРАТ БИОИНФОРМАТИКИПростые статистические модели в биоинформатикеМетод скользящего окнаПрименение теоретико-информационного подходаАлгоритмы выравнивания последовательностейАлгоритм глобального выравнивания последовательностейАлгоритм локального выравнивания последовательностейВарианты реализации штрафующей функции за пропуски в выравниванииАлгоритмы множественного выравнивания последовательностейМарковские цепи и скрытые модели МарковаМарковские цепиСкрытые модели МарковаАлгоритмы, применяемые при работе со скрытыми моделями МарковаАлгоритм Витерби.Искусственные нейронные сетиОдиночный нейронОбучение нейронаИерархические сети, многослойный пецептронСеть ХопфилдаСамоорганизующиеся картыБайесова статистикаКлассическая и байесова вероятности. Байесов выводФормула Байеса для непрерывных распределенийСимуляция Монте-Карло и алгоритмы имитации отжигаСимуляция Монте-КарлоВыборка с отклонением значений.Методы Монте-Карло, использующие марковские цепиАлгоритм имитации отжигаЭволюционные и генетические алгоритмыОбщие принципыЭволюционные алгоритмыЧередование поколений в эволюционных алгоритмахОценка и ранжирование особей согласно степени их «приспособленности»Способы отбора особейВоспроизводство особейГенетические алгоритмыАлгоритмы кластерного анализаВведение в кластерный анализПримеры алгоритмовВопросы и задания для самопроверкиЗадачиЛитература к главе 2ПРИМЕРЫ МОДЕЛЕЙ В БИОИНФОРМАТИКЕОбщие моделиСравнение последовательностей биологических полимеров Точечные графики и матрица выравниванияМетоды быстрого поиска в базах данныхСтатистическая оценка значимости значений оценочной функции при выравнивании последовательностейПрименение скрытых моделей Маркова для идентификации последовательностейПредставление входных данных и интерпретация результатов в моделях, основанных на искусственных нейронных сетяхЛоготипы последовательностей. Информационно-теоретическая интерпретация консервативных участков последовательностей биологических полимеровГеномика - примеры моделейПоиск открытых рамок считывания. Поиск кодирующих фрагментовПредсказание оперонной структуры прокариотических геномовПредсказание вторичной структуры молекул РНКПротеомика - примеры моделейПрофили аминокислотных последовательностей, позиционно- зависимые матрицы замещенияБыстрый поиск в базах с использованием профилей. PSIBLAST. Предсказание наличия сигнальных пептидов в исследуемой последовательностиПрименение сети Кохонена для ускорения поиска в базеПредсказание вторичной структуры белковПредсказание трансмембранных фрагментов белковМоделирование структуры белка в свете информационных технологийПодходы к решению проблемы моделирования пространственной структуры белка. Задача сравнительного моделирования структуры белка ио его аминокислотной последовательностиАльтернативные способы подбора матричной структурыЭволюционные моделиМножественные выравниванияАлгоритм ClustalW.Построение филогенетических деревьевАлгоритмы, оперирующие матрицей расстояний.Вопросы и задания для самопроверкиЛитература к главе 3БИОЛОГИЧЕСКИЕ БАЗЫ ДАННЫХОсновы структур баз данныхБазы данных, содержащие информацию о биологических структурах и последовательностяхОсновные форматы данных биоинформатикиКаталог известных баз данныхБИОИНФОРМАТИЧЕСКИЕ ПРОГРАММЫ И СЕРВИСЫАнализ последовательностей биологических полимеровРасширенный поиск с применением алгоритмов семейства BLASTПредсказание физико-химических свойств белков на основании аминокислотных последовательностейПоиск белков, обладающих сходными физико-химическими свойствамиПредсказание особых типов структур и свойств белковКаталог репозиториев веб-сервисовВопросы и задания для самопроверки к главам 4 и 5ЗадачиЛитература к главам 4 и 5КВАНТОВЫЙ МИР И БИОЛОГИЯ - ДВЕ СУЩНОСТИ ОДНОЙ И ТОЙ ЖЕ РЕАЛЬНОСТИИнформация и вычисления: от классического компьютинга к квантовомуЧто представляет собой информация — попытка определенияКлассическая информация и вычисления Квантовая информация и вычисленияСознание как проявление квантового мира и человеческий мозг в качестве квантового компьютераКвантовая информация и работа сознания находят друг другаОдна проблема: как совместить локальность и нелокальностьПути преодоления противоречий. Грани нелинейности: логика, множества, числаФрактальнаяр-адическая феноменология единства естественных системРадическая система разбирается не только в работе сознания, но и в конформациях белковСпин - носитель квантовой информацииКвантовый спин и фазаТриплетные и синглетные состоянияСпин заставляет спирали ДНК закручиваться в спиральВопросы и задания для самопроверкиЛитература к главе 6
 
  РЕЗЮМЕ   След >